La agenda de cooperación con Honduras se desarrolla, a través del trabajo de la Comisión Mixta, en la que se definen, implementan y se hace seguimiento a los programas de cooperación sur-sur bianuales. En estos programas se incluyen proyectos de transferencia de conocimientos, buenas prácticas y experiencias entre ambos países, atendiendo sus prioridades nacionales y locales.

La IX Reunión de la Comisión Mixta de Cooperación Técnica, Científica, Cultural y Educativa se desarrolló el 26 de agosto de 2022, en Bogotá.  Durante la reunión se aprobó una importante agenda de cooperación con 12 proyectos en los sectores de medio ambiente, agricultura, desarrollo social, turismo y cultura, entre otros.